1990年,普罗斯特离开了迈凯轮车队,投奔法拉利车队(Ferrari F1 Team)。但和塞纳的冲突日趋白热化,同样到了倒数第二站日本站,这时情况和去年相反,普罗斯特必须击败塞纳才能保住争冠机会。排位赛塞纳取得杆位,普罗斯特第二,正赛起跑后,普罗斯特取得领先,到了第一个弯角,塞纳直接从后面将普罗斯特撞出赛道,塞纳得到他第二座世界冠军。
塞纳承认他在赛前就打定主意若无法取得领先就将对方撞出,目的是为了报复FIA一年前剥夺他到手的分站冠军。塞纳和普罗斯特两位传奇车手为了争夺冠军,连续两年在日本铃鹿赛车场发生碰撞,结果两人各获一次世界冠军头衔,但是也让两人变得势不两立。
1991年,法拉利车队的实力大幅滑落,塞纳开季四连胜后就持续保持领先,最终击败了竞争对手威廉姆斯车队(Williams F1 Team)的尼格˙曼塞尔(Nigel Mansell),第三次夺下世界冠军。
1994年5月2日,巴西航空派出专机护送塞纳的遗体回到巴西,巴西政府为其举行国葬,超过100万的巴西民众沿途追悼塞纳。但是迈克尔•舒马赫缺席了这场葬礼(因为事故发生前他对塞纳穷追不舍被认为是导致出事的原因之一,部分激动的巴西民众扬言报复)。巴西以国家元首的礼节将塞纳的遗体安葬在其家乡圣保罗市,在塞纳的墓志铭上刻着:“没有什么可以让我远离上帝的爱。”(原文葡萄牙文:NADA PODE ME SEPARAR DO AMOR DE DEUS.)
1994年,巴西国家足球队勇夺美国世界杯冠军,是历史上第四次夺标。全体队员在赛后出示一幅横额,上面写着:“塞纳,我们一起加速吧!第四个世界冠军是我们的了!”
“我希望完整地活着,有激情地活着,而不是残缺地活着,被病痛折磨着活着。如果一场事故让我一生都为之痛苦,那么我宁愿它瞬间夺走我的生命。 ”塞纳离去了,带走他的,是他热爱的F1运动。